Die Jahreszahl 1530, die am obersten Sandsteinquader an der Nordwestecke eingemeisselt ist, kann als Baujahr des heutigen Schlosses angenommen werden.
Erstmal in einer Urkunde erwähnt wurde das Schloss Wagenhausen, als es Wilhelm von Fulach am 22. Mai 1561 Hans Jakob von Roggwil abkaufte.
Die Steiner Obervögte verwalteten die Herrschaft Wagenhausen, hatten aber ihren ständigen Wohnsitz nicht im Wagenhauser Schloss. Sie hielten sich dort meist nur bei besonderen Anlässen auf. In der Zeit um 1680 sollen am Schloss Umbau- und Instandstellungsarbeiten vorgenommen worden sein.
Als im pfälzischen Krieg Franzosen sengend und plündernd im nahen Hegau hausten, flohen einige dort wohnhafte Adelige nach Stein. Der reichste davon war der österreichische Landeshauptmann, Freiherr Dionys von Roost. Er ersuchte den Steiner Rat für sich, seine Familie und einen Teil seines Hab und Gut um vorübergehendes Asyl. Auf Veranlassung Zürichs und mit Rücksicht auf seine Sicherheit musste der Freiherr in das damals noch befestigte Wagenhauser Vogteischloss dislozieren, wo er sich während der Kriegswirren im Hegau aufhielt.
Er liess das Wappendekor, bestehend aus einem doppelten, gekrönten Reichsadler, zwei Steiner Schilder und dem St. Georg zu Pferd, auf die Nordfassade aufmalen. Darunter setzte der Adlige die Jahreszahl 1689. In diesem Jahr verliess Dionys nach achtjährigem Aufenthalt das Schloss. Vom 19. September 1689 ist das Schreiben datiert, mit welchem der Freiherr, nun wieder im Hegau wohnhaft, dem Steiner Rat für die Aufnahme und den Schutz im Wagenhauser Vogteischloss dankt.
Das Schloss wurde 2010 - 2012 mit Hilfe des Denkmalschutzes renoviert und wird Heute von den Besitzern bewohnt.
