In den 1950er Jahren durchgeführte archäologische Grabungen nördlich der Kirche zeigten, dass die Stephanskirche im Bereich eines spätrömischen Gräberfeldes des 3.-4. Jahrhunderts lag; möglicherweise diente sie als eine kleine Friedhofskirche.
Die früheste Erwähnung der Kirche findet sich in der ersten um 680 verfassten Lebensbeschreibung des heiligen Gallus: Der Heilige, dem im Jahr 613 der Konstanzer Bischofssitz angeboten worden war, lehnte ab und schlug seinen Diakon Johannes von Grabs vor; dieser aber floh aus Bescheidenheit in die Stephanskirche. Der Autor der Gallus-Vita erwähnt zwar den Namen der Kirche, beschreibt sie aber nicht. Trotzdem ist eindeutig, dass die Stephanskirche zu den ältesten Kirchen am Bodensee gehört. Das Bistum Konstanz wurde Ende des 6. Jahrhunderts gegründet.
