Die heutige Heiligkreuzkapelle wurde im Jahre 1696 erbaut. An der Südseite der Kapelle befindet sich eine Sonnenuhr mit der Inschrift NIL ABSQUE PHÖBO A. 1699 (Nicht ohne die Sonne).
Der Ursprung der erstmals erwähnten hölzernen Kapelle im Jahre 1669 und dem Neubau der jetzigen Barockkirche vom Jahr 1700 waren verbunden mit der damaligen Zeitgeschichte, die von Unruhen geprägt war.
Im Jahr 1625 hatte das Dorf Steißlingen noch über 1.100 Einwohner. Krieg und Pest kamen über das Dorf und es waren gerade noch 384 Personen, die überlebten. Jedes Gebäude in der Gemeinde war beschädigt durch die Schweden und durch Plünderungen und Verwüstungen von bayerischen Truppen.
Das Konstanzer Ordinariat gab seine Zustimmung zu einem Neubau in der Nähe der ehemaligen hölzernen Kapelle , Die Grundsteinlegung erfolgte am 08. Mai 1698. Am 04. Oktober 1700 konnte die neue Kapelle durch den Konstanzer Weihbischof Conrad Ferdinand Geist von Wildegg geweiht werden, noch ohne Sakristei und Bruderhaus, auch die Seitenaltäre kamen erst später hinzu. Bauherr der Kapelle war, quasi stellvertretend für den Hauptstifter Johann Friedrich Ebinger von der Burg (+ 1691) dessen Nachfolger als Ortsherr Philipp Jakob Ebinger von der Burg (Ortsher (1691 - 1712). Zu Ehren des Stifterehepaares Johann Friedrich Ebinger von der Burg und seiner Frau Maria Rosamunde Victoria geb. Freiin von Freyberg befindet sich für alle sichtbar über dem Eingang das Doppelwappen und die Jahreszahl 1698.
Mit dem 1700 geweihten Neubau des "lieb Kirchlein an der Straßen" begann die Blütezeit der Wallfahrten, der zahlreichen Prozessionen aus Steißlingen und aus den umliegenden Dörfern. Die Kapelle wurde dementsprechend ausgebaut. Schon 1708 stiftete Jacob Fx aus Steißlingen eine Glocke, 1715 wurden die beiden Seitenaltäre errichtet. 1716 wurde die Sakristei an die Nordwand des Chores angebaut. Erst damit waren Bau und Einrichtung der Kapelle vollständig abgeschlossen.
Die 1716 wurde Die auffälligste äußere Veränderung an der Heilig-Kreuz-Kapelle war der um 1749 erfolgte Anbau eines mit der Kapelle verbundenen Bruderhauses. Dieses zweistöckige, an Chor und Sakristei angebaute Gebäude gibt der Kapelle bis heute ihr charakteristisches Aussehen. MIt der Sakristei ist das Bruderhaus durch eine Tür direkt verbunden.
Im Jahr 1850 bemühte sich Freiherr Roderich von Stotzingen, Kapuzinermönche nach Steißlingen zu bringen und die Heiligkreuzkapelle zu einem Kloster bzw. Priorat zu machen. Die Absicht war u. a. die Stärkung der katholischen Kirche in dem nach wie vor um Säkulasierung bemühten Großherzogtum Baden. Daher wurde der Plan an höchster Stelle verhandelt. Das badische Innenministerium entschied am 08.12.1858 jedoch endgültig ablehnend. Dass im 19. Jahrhundert immer wieder neue Nutzungen der Kapelle überlegt wurden, zeigt im Grunde den unaufhaltsamen Niedergang der Steißlinger Heilig-Kreuz-Wallfahrten, zumindest als selbstverständlich integrierter Bestandteil des kirchlichen Lebens der Menschen im Dorf und in der Umgebung.
Schlimme Folgen hatten drei Einbrüche in der Kapelle. 1976 wurde die Marienfigur des linken Seitenaltars gestohlen. Im Jahr 1977 wurde mehrere originale Ausstattungsgegenstände und Figuren aus der Barockzeit geraubt, darunter der lebensgroße Christus der Kreuzigungsgruppe im Hochaltar. Die verlorenen Figuren wurden 1989 durch Nachbildungen des Nenzinger Bildhauers Paul Schweizer ersetzt. In den 1980er Jahren wurde die barocke Christusfigur aus dem Heilig-Grab-Nische gestohlen. Die wertvolle Skulptur (um 1730/40) konnte jeodch in einem Wald bei Wollmatingen wiedergefunden werden, wo sie von den Dieben achtlos abgelegt worden und längere Zeit der winterlinchen Witterung ausgesetzt war.
Im rechten Seitenaltar steht die Skulptur der Anna Selbdritt (ca. 1720), also der hl. Anna mit ihrer Tochter Maria, der Mutter Gottes, als größeres Kind und Jesus als Kleinkind. Seit dem Verlust des Kruzifixus im Hochaltar ist die Figur der Anna Selbdritt, wahrscheinlich ein Werk des Villinger Bildschnitzers Joseph Anton Schupp, die kunsthistorisch bedeutendste Skulptur der Kapelle.
Mit der zuletzt 1990/1991 renovierten Steißlinger Heilig-Kreuz-Kapelle hat sich ein sehr schönes Beispiel einer barocken Wallfahrtskapelle erhalten, noch dazu in fast unveränderter Umgebung, außerhalb des Ortes Steißlingen an der Landstraße nach Radolfzell.
