Nach der letzten Eiszeit vor ungefähr 15'000 Jahren schmolz das Resteis, das zwischen den beiden Endmoränen östlich von Schlattingen und Kaltenbach liegengeblieben war. Es bildete sich zuerst ein länglicher See , dann ein Flachmoor im Westen und ein unterirdischer See im Osten. In der Senke zwischen Stammer- und Rodenberg, wo das heutige Flachmoor liegt, hat man Überreste aus der Steinzeit gefunden.
Mit seinen 20 Hektaren ist das Etzwiler Ried das grösste Binnenflachmoor des Kantons Thurgau.
Wie in allen Mooren wurde auch hier eifrig Torf gestochen. Schon 1894 soll nach einem Bericht von Lehrer Bach das Ried stark abgebaut gewesen sein. 1937 bemühte sich die neu gegründete Naturwacht Etzwilerried um den Schutz dieses Flachmoores. Die Hauptaktivitäten beschränkten sich damals auf die Aufsicht und das Aufhängen und Betreuen von Nistkästen. 1944 erwarben die initiativen jungen Leute 34 Aren Streuland mit Weiher für 500 Franken. Drei Jahre später verhandelten sie mit dem Schweizerischen Bund für Naturschutz über den Ankauf des Gebietes für ca. Fr. 15'000.-.
Ende der fünfziger Jahre bemühten sich der Kantonsforstmeister sowie der Präsident der Thurgauischen Vogelschutzvereinigung um die Erhaltung des einzigartigen Gebietes. Dank diesen Bemühungen wurde auf Projekte, wie das einer Zuckerfabrik Etzwilen (Ried als Ablagerungsbecken) oder einer Öltankanlage, verzichtet. Stattdessen wurde das Etzwiler Ried bereits zu Beginn der Güterzusammenlegung 1958 von der Melioration ausgenommen.
1962 übergab die Naturwacht Akten und Barvermögen dem Thurgauischen Bund für Naturschutz.
Zwei Jahre später beschloss die Munizipalgemeinde Wagenhausen, das Ried für Fr. 27'000.- zu erwerben. Der Kanton steuerte einen Betrag von Fr. 10'000.- bei und übernahm die Kosten für die Pflege.
Heute präsentiert sich das Etzwiler Ried mit einer prächtigen Pflanzenvielfalt auf nassen bis zu mässig feuchten Standorten. Viele Pflanzen und Tiere haben hier ihr letztes Rückzugsgebiet gefunden.
